地表

地形的表面会依据生物群系被转换成其它方块，通常是草和泥土，或者是沙漠、沙滩上的沙子，沙石垫于沙子层之下。

盆地

有的时候，地形的表面不会被转换成其它方块，而是被直接移除，留下岩石裸露的盆地。盆地一般会被玩家误认作地形错误，但实际上这是特意设置的。游戏中的盆地与地理学上的“地盾”相似。盆地貌似在森林和平原中多见，有时候盆地中还会积水。

裸岩

草地或沙漠(尤其平坦的地方)中，偶尔会出现一片散乱的地面，其表层的一部分沙子消失，而露出下面的石头。消失的沙子呈不规则排列，以一点为中心，中心部位的沙子几乎全部消失，而周围的比较少。有的情况下只有一半沙子会消失，看起来像是出现了分界线一样。这种情况很容易被认为是程序错误，另外，这也是一个很好的采煤场所。

洞穴

洞穴是在地表之下广泛出现的镂空结构。洞穴大部分由石头构成，缀以少量的矿石。

峡谷

峡谷是高而长的裂缝，高度在5-20米左右。峡谷比较狭窄，一般不会超过5米，增加了玩家在峡谷底部认路的难度。峡谷壁会有很窄的突出，稍加修整玩家就可以行走。峡谷可以在任何高度找到，也会偶尔露出地面，形成山谷。这样的山谷有时候会被水淹没，从而可以安全进出。峡谷有时会很深，有时候会生成史莱姆，甚至会出现裸露的钻石矿石。

峡谷会与洞穴、地牢、废弃矿井和其它结构相连。在峡谷的岩壁上，会有水流或岩浆流出现(可能来自单个源头或地下湖)。

废弃矿井

废弃矿井(Abandoned Mine Shafts)是地下生成的有木质支撑架的矿道，矿道中有断续的铁轨延伸。废弃矿井也是游戏中洞穴蜘蛛大量存在的唯一地方。玩家如果不插火把不做记号，很容易在矿道中迷失。在 Minecraft 1.2 后，空中生成的矿道会有木地板支撑，而不会只剩下悬空的支撑架。废弃矿井中的运输矿车中会出现钻石和西瓜种子，而西瓜种子只能在此天然出现。除了这些，箱子中还会出现铁锭、煤炭、镐和其它有用的物品。废弃矿井中会出现暴露的煤矿石、铁矿石、金矿石和青金石矿石的矿脉，甚至会出现钻石矿石。

小型结构

除湖泊、矿脉、涌泉外的小型结构的出现都依赖所在生物群系;不是所有的小型结构都能在任一个生物群系中出现。

湖泊

湖泊(Lakes)是由众多水源组成的小型水体，玩家可以在其中游泳。湖泊现在能够在高于海平面的地方或峡谷中生成，但这些湖泊都是被泥土围绕的小型的水体。在覆雪的生物群系中，这些湖泊一开始不会结冰，但在下雪后会被冰封。这些湖泊也可以是岩浆湖，但十分罕见。在地表附近找到的岩浆湖会被沙砾、石头或煤矿石包围。